安徽交通中等职业技术学校教学机构设有土木工程系、汽车与机械工程系、城市轨道交通与信息工程系、管理工程系、航海系、文理科学系、基础系、成教部等7系1部，研究机构设有教育研究室、道路与桥梁工程研究所、管理工程研究所、综合交通运输研究所、工程性移民安置研究所、计算机应用研究所等6个；职业技能鉴定机构设有交通部所属的交通行业职业技能培训工作站、劳动和社会保障厅直属的职业技能鉴定所等4个；产业实体有安徽交院监理咨询有限责任公司、安徽通达驾驶员培训有限责任公司、安徽振华综合交通运输研究所等3个。
       安徽交通中等职业技术学校现有44个招生备案专业，覆盖交通运输、土木建筑、装备制造等8个专业大类17个专业类，已形成交通土建施工、汽车运用技术、城市轨道交通、现代流通服务、水上运输等五大特色专业群，其中国家级重点建设专业、改革试点专业、示范专业10个，省部级主干专业、综合改革试点专业、精品专业、特色专业17个，满足了市场产业结构调整和产业转型升级对技术技能人才的需求。